宗教法人の所轄庁については、宗教法人法の第五条に次のように定められています。

　（所轄庁）
第五条　宗教法人の所轄庁は、その主たる事務所の所在地を管轄する
　都道府県知事とする。
２　次に掲げる宗教法人にあつては、その所轄庁は、前項の規定にか
　かわらず、文部科学大臣とする。
　一　他の都道府県内に境内建物を備える宗教法人
　二　前号に掲げる宗教法人以外の宗教法人であつて同号に掲げる宗
　　教法人を包括するもの
　三　前二号に掲げるもののほか、他の都道府県内にある宗教法人を
　　包括する宗教法人

宗教法人の設立・規則の変更・合併・解散の認証、または宗教法人法第25条第4項に定められた書類の提出などの手続きを、この所轄庁にしなければなりません。
ここでは、各所轄の宗教法人事務主管課を掲載しました。

文部科学大臣所轄

都道府県知事所轄

文化庁のサイト内にも、宗教法人事務主管課一覧のページがありますが、さらに調査したものを用意しました。ここをクリックしてください。

なお宗教法人の登記に関する事務は、その事務所の所在地を管轄する法務局若しくは地方法務局若しくはこれらの支局又はこれらの出張所が管轄登記所として定められています。その所在地等の情報は「法務局・地方法務局所在地一覧」として法務省民事局のサイトに掲載されています。